我國對於食品管理制度，係以「食品安全衛生管理法」作為食品管理的基本法規，食品本質為提供熱量及營養素供人體維持生命所需，其次為提供色香味等感官享受；於此基礎上，常見強調保健訴求產品包括添加維生素、礦物質或特定成分之各類型態食品（坊間泛稱為「保健食品」），及宣稱具特定保健功效之「健康食品」。
我國於88年訂定「健康食品管理法」，以加強管理標榜特定保健功效之食品，並賦予「健康食品」為法律名詞；坊間泛稱之「保健食品」，除含維生素符合認定基準及輸入錠狀膠囊狀食品須事先經衛生福利部（下稱衛福部）查驗登記核准外，其他則歸屬「一般食品」之管理，並採業者自主管理為原則，無需經中央或地方主管機關核准，惟應使用合法原料，經良好製程及品管產製，以符合食品安全衛生管理法及其相關規定，即可上市販售，但業者須對產品負完全責任。
健康食品應依健康食品管理法規定，須於上市前向衛福部申請查驗登記，提供科學證據佐證產品之安全性及保健功效，且經審核通過取得許可證後，方可稱為「健康食品」；
健康食品應依健康食品管理法規定，於上市前向衛福部申請查驗登記，並提供經科學驗證之證據，證明依所建議攝取量使用時，產品具安全及保健功效，並對產品品質（含安定性）提具相關佐證，以確保在產品保存期限內皆具有宣稱之功效，產品經過衛福部審查核准，並取得健康食品許可證後，方可依核准之保健功效標示或宣稱為「健康食品」。
我國並於103年公告健康食品宣稱之保健功效項目包括調節血脂、胃腸功能改善、護肝、免疫調節、骨質保健、不易形成體脂肪、抗疲勞、輔助調整過敏體質、調節血糖、延緩衰老、牙齒保健、促進鐵吸收、輔助調節血壓等共13項特定保健功效。未經衛福部核准取得健康食品許可證之產品，業者廣告宣稱或標示該產品具有上述13種功效時，則違反健康食品管理法規定，將依健康食品管理法第21條規定，處三年以下有期徒刑，得併科新臺幣一百萬元以下罰金。
目前健康食品查驗登記採雙軌審查制度：
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第一軌為「個案審查」，即個案審查之健康食品，產品所用原料成分及使用量符合食品原料及食品添加物相關規定，且具科學實證，證明具衛福部公告之任一項保健功效，即可依健康食品管理法規定申請查驗登記為健康食品，產品得依其配方組成申請不只一項保健功效。
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第二軌為「規格標準審查」，目前衛福部已公告的健康食品規格標準有「魚油」及「紅麴」二項；魚油產品符合健康食品規格標準，可以標示保健功效為「本產品可能有助於降低血中三酸甘油酯；其功效乃由學理得知，非由實驗確認」，紅麴產品依健康食品規格標準可以標示保健功效為「本產品可能有助於降低血中總膽固醇；其功效由學理得知，非由實驗確認」。
通過審查的產品會取得健康食品(小綠人)標章及核准字號，消費者可以從產品包裝上的標章及字號來辨別一、二軌，第一軌的產品上標有「衛部健食字第A00000號」，第二軌的產品標有「衛部健食規字第000000號」，已取得核可的產品可由食品藥物消費者知識服務網http://consumer.fda.gov.tw/ (首頁 > 整合查詢中心 > 食品 > 核可資料查詢 > 衛生福利部審核通過之健康食品資料查詢)查詢。
為加強對健康食品之管理，衛福部訂有完整的健康食品管理制度，產品在上市前，須先經過安全性、功效性、安定性、衛生品質等試驗，健康食品製造工廠須符合良好作業規範(GMP)規定，產品標示須符合食品安全衛生管理法及健康食品管理法規定，產品經審查取得健康食品許可證上市後，業者仍須持續自主管理健康食品的品質及有效性，衛福部亦持續執行健康食品的製造工廠及產品稽查專案，監控上市後的健康食品品質，確保健康食品之安全衛生與品質，保障消費大眾權益。
國人重視飲食保健，各類標榜調節生理機能、補充營養等產品因應而生，聰明選購健康食品及正確食用健康食品則非常重要。
選購健康食品時，消費者應掌握選購「停」、「看」、「聽」三要訣。第一步，「停」下腳步，冷靜思考是否確實有需要及對健康是否有幫助?第二步，睜大眼睛「看」產品包裝上之「標章及核准字號」、「警語」、「注意事項」、「建議攝取量」及「保健功效」之實質意涵；第三步，「聽」醫師或營養師等專業人員之建議，正確選購真正對自身狀況有助益的健康食品。
坊間其他類似產品，產品未經科學實證，僅能當一般食品販售，並依一般食品管理，且其廣告及標示不得有不實、誇張、易生誤解及醫療效能之情形。為提供消費者清楚資訊，避免因誤解而對健康食品有錯誤認知或期待，衛福部已公告「健康食品應加標示事項」規定，所有健康食品應依產品類型，於「注意事項」分別標示：
(一)膠囊及錠狀產品：
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「本產品非藥品，供保健用，罹病者仍需就醫」字樣。
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「請依建議攝取量食用，勿過量」字樣。
(二)膠囊及錠狀以外產品：「本產品供保健用，請依建議攝取量食用」字樣。
為避免食品與藥品間產生交互作用，健康食品審查時，除針對產品安全性、功效及安定性重點審查，也會同時考量所使用的原料及產品整體安全及功效評估結果，要求標示相關警語及注意事項。例如，以食品與藥品交互作用為例，紅麴與降血脂藥（statin及fibrate類藥物）或葡萄柚併用可能造成肝、腎損傷、橫紋肌溶解症，及輔酵素Q10與抗凝血藥物（warfarin藥物）併用導致出血等；如民眾本身患有慢性疾病或有服用藥物等情形，在食用健康食品前，請務必仔細閱讀產品標示的警語及注意事項，並先向醫師、藥師或營養師諮詢食用意見。
經衛福部審查核准的健康食品，本質仍是食品，並非作為醫療使用，亦無等同藥品效果，因此無法用以治療疾病，民眾如有病痛，應循正確醫療管道尋求醫師協助。如產品有宣稱任何治療效果，或不是健康食品卻宣稱保健功效，都是不合法的產品，呼籲民眾切勿購買使用，避免傷身或導致疾病惡化，平時更應有正確的飲食觀念，「均衡飲食、正常作息加上持續運動」才是最好的保健之道。
健康食品管理制度建立至今已20餘年，民眾對於健康食品具有之保健功效亦相當期許。近年衛福部食藥署除持續就管理面、制度面及審查面檢討精進，亦加強宣導消費者正確飲食及選購健康食品的觀念，另一方面也輔導業者提高法規認知及自律管理能力，把關健康食品品質，冀維護民眾健康與消費權益，讓消費者買得放心，吃得安心。