藥害救濟主要是因為藥品的特性、用藥者個別體質及病情之差異，以致在合理用藥之情況下發生無法預期之藥物不良反應，導致病患嚴重殘疾甚至死亡之事件，用藥受害民眾之求償如果僅有訴訟一途，因事故責任認定複雜，必然費時曠日，不僅對受害者之救助緩不濟急，對廠商及醫療機構聲譽之損失亦難以估計。
有鑑於此，「藥害救濟法」自 89 年 5 月 31 日公布，89 年 6 月 2 日起實施，此為政府決心維護國人用藥權益之更具體措施。
衛生福利部於 89 年起委託財團法人藥害救濟基金會為執行藥害救濟專責機構，接受民眾藥害救濟申請，並辦理各項宣導業務，提供民眾相關衛教資料、建立藥害救濟資訊網站及辦理藥害救濟徵收金之徵收及給付等相關業務。
藥害救濟申請：
步驟 1：填寫基本資料 (包括申請人、受害人基本資料、受害事件發生經過及身體狀況等)。
步驟 2：填寫申請單 （包括受害嚴重程度、受害事件發生經過及身體狀況等)完成後預覽申請書，查看填寫資訊無誤後送出，自動產生「申請書」格式(共 2 頁)，請自行列印後，於簽章處簽名或蓋章(共2 處) 【此時系統自動帶出應檢附文件】。
步驟 3：列印申請書 (查看填寫資訊無誤後送出，自動產生「申請書」格式(共 2 頁)，請自行列印後，於簽章處簽名或蓋章(共 2 處) 並依據系統顯示需檢附之必要文件進行申請或收集，完成後將申請書及必備文件郵寄至財團法人藥害救濟基金會即可)。
藥害救濟審議流程：